تنتج الألوان المختلفة التي تغطى جسم الخيول من الجينات الوراثية المكونة لسلالات الخيول، ففي المجموعات المختلفة يوجد حوالي &# 1635;&# 1641; جينا وراثيا تحمل الصفات المميزة بما فيها الألوان، وهناك ألوان تسيطر على جسم الخيول وتغطي على الألوان الأخرى، مثلا نجد أن اللون الرمادي يسود على اللون الأسود، واللون الكميت على الأشقر الكستنائي، والكميت على الأسود، والأشقر ينحسر أمام كل الألوان. احتمالات الألوان إذا كان أحد الوالدين رماديا والآخر كميتا، ينتج عنهما فلو رمادي، لأن اللون الرمادي يطغى على اللون الأسود. كما أنه إذا حمل أحد الوالدين جينات اللون الكميت والآخر جينات اللون الأشقر، فإن الفلو الناتج عنهما سيحمل اللون الكميت لأن الجينات الشقراء تنحسر أمام جينات اللون الكميت، كما أن هذا الفلو الناتج من هذا الاتحاد سيحمل خلايا جنسية، نصفها يحوي جينات لون كميت ونصفها الآخر يحمل جينات اللون الأشقر. ألوان الفلو ليست دائما مستقرة، ففي خيولالليبزانرس يولد الفلو أسود اللون وعندما ينمو ويصل إلى سن النضج يتغير لونه إلى الأبيض، فالألوان غير محددة، والحالات المشكوك فيها يتم اتخاذ قرار بشأنها بالاحتكام إلى لون الشعر عند الخطم، وتوصف الخيول بألوانها بالإضافة إلى العلامات البيضاء الموجودة على جسمها. العلامات الطبيعية الأشكال المعتادة للعلامات الطبيعية التي تميز الخيول تظهر في مناطق مختلفة في الجسم، مثلا الشعر الأبيض في الوجه أو القوائم، كما تظهر علامات أخرى (علامات اللحم) في أسفل البطن، والخاصرة..الخ. العلامات المكتسبة العلامات المكتسبة تدخل أيضا في تعريف الخيول ووصفها كالوسم وعلامات السرج، والخاصرة التي تظهر في شكل شعر أبيض. العلامات المميزة هذه العلامة تمثل نمط تعريف إيجابي للخيول، إذ تتضمن اسم القطيع أو علامة الإسطبل وغالبا ما تحتوي على رقم الجواد وسط القطيع المعين.